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I fratelli fanno il loro ritorno per una nuovissima avventura in alto mare! Sali a bordo dell'Isola Solcamari (parte isola e parte nave) con Mario e Luigi e visita il vasto mondo di Elettria. Lanciati dal cannone per visitare una serie di isole che spaziano da paradisi tropicali a indaffarate città.
Lungo la strada incontrerai nuovi amici, come Condina e Presus (che non è assolutamente un maiale), e vecchie conoscenze del Regno dei Funghi, tra cui Peach e Bowser, che potrebbero aiutarti!
Per avere la meglio dovrai fare affidamento sul legame fraterno tra Mario e Luigi. Usa le azioni fratelli per superare gli ostacoli mentre esplori e gli attacchi fratelli nei combattimenti a turni. Il legame fraterno sarà l'arma segreta che ti aiuterà anche nelle situazioni più difficili!